結論から言うと燃やしても大丈夫です。 スタンダードなクリアファイルの素材であるポリプロピレンは、燃やしても有毒ガスが出ないというのが素材としてのウリのひとつになっています。
ポリプロピレン以外で作られたクリアファイルも多く存在しますが、そのどれもが環境問題について考慮されているものが殆どなので相当特殊なものでない限りは焼却が可能です。 つまりクリアファイルを捨てるときの分別は『燃えるゴミ』で問題ないということですね。
その中でも特に環境にやさしいのは植物系生分解性プラスチックで作られたクリアファイルです。 主にとうもろこしなどの植物成分で構成されている素材なのでももちろん焼却しても問題ないですし、土に埋めたりして廃棄した場合でも微生物によって水や二酸化炭素などに分解され有毒なものを一切残さずに土に返るため本当の意味で環境にやさしい素材となっています。
クリアファイルの素材は燃やすと有毒ガスが出るようなプラスティックなどの素材とは、一見すると似ているようですが、中身は全然違うエコなもので作られているのです。
よく考えてみると燃やしても問題ないように作っておかないと処分するとき非常に大変ですよね。 挟み込むのは紙や布などの燃えるものが殆どですから、会社などで大量に処分する場合挟んである物をいちいち抜き取って分別しなくてはいけなくなりますから。
まあ、クリアファイル愛好家である私の場合はゴミ分別ではなく、クリアファイルが勿体無いから全部抜き取ってとっておきますけどね。